У 1925 році  Кам’янець-Подільському  університетові народної освіти було надано близько  однієї десятини землі для створення ботанічного саду, аби проводити науково-дослідні роботи прикладного характеру, пов’язані з акліматизацією цінних рослин  для народного господарства. Враховуючи важливість своєчасного розв’язання  цих завдань,  у жовтні 1930 року народний комісаріат освіти УРСР виділив Кам’янець-Подільський ботанічний сад в окрему науково-дослідну установу з утриманням її за рахунок держбюджету (до цього вона фінансувалася двома місцевими інститутами).

Першим директором ботанічного саду був його засновник професор Нестор Гаморак, який проводив велику науково-дослідну роботу з фізіології рослин, геоботаніки, фітопатології, акліматизації та екології. У тридцятих роках кам’янчани стали активно розвивати партнерські зв’язки з ботанічними садами Парижа, Берліна, Праги, Марселя, Ленінграда, Москви, Сухумі, Мінська, Ташкента та інших країн світу. А в 1936-1941 роках був створений насіннєвий банк рідкісних та зникаючих рослин флори Поділля. Зокрема, в колекційному розсаднику на той час нараховувалося 42 сорти тютюну, 40 – фенхелю, 55 – сої.
У роки Великої Вітчизняної війни ботанічний сад сильно постраждав, загинуло багато колекційних рослин, але робота не припинялась, про що свідчить велика кількість гербарних зборів М. Круцкевича та О. Срібняка, датованих 1941-1945 роками. В березні 1944 року Кам’янець було звільнено від нацистських загарбників, а вже через місяць ботанічний сад повністю відновив свою діяльність. Цікавими є такі факти: в 1950-1955 роках його співробітниками було проведено геоботанічне обстеження Поділля, а сам сад стає об’єктом природнозаповідного фонду загальнодержавного значення, членом міжнародної асоціації ботанічних садів співдружності Європейських ботанічних садів. У 1965 році колекція в дендрології нараховувала майже 800 видів, а на кінець 1980 року – 3500 рідкісних видів рослин. У серпні 1963 року розпорядженням Ради Міністрів України Кам’янець-Подільському ботанічному саду надано статус пам’ятки природи республіканського значення, а у липні 1983 року – державного, в 1991 року він стає об’єктом природнозаповідного фонду державного значення.
У 1996 році рішенням виконавчого комітету Кам’янець-Подільської міської ради ботанічний сад передано на баланс Подільської державної аграрно-технічної академії, нині університету, зі статусом пам’ятки природи загальнодержавного значення.
Минулого тижня у ПДАТУ відбулася конференція, приурочена 90-й річниці ботанічного саду. Його директор, кандидат сільськогосподарських наук доцент Михайло Хомовий, розповідаючи про шлях розвитку, який пройшов науково-дослідний заклад за цей період, зазначив, що нині він є невід'ємною базою для проведення навчальної та виробничої практики студентів, науково-дослідної роботи з біологічних дисциплін викладачів, аспірантів, студентів. Для цього тут створені усі умови щодо наукових досліджень з ботаніки, фізіології рослин, рослинництва та кормовиробництва, сільськогосподарської екології та селекції.
Наразі площа саду становить понад 17 гектарів, у тому числі закритого грунту – близько однієї тисячі квадратних метрів, куди входять оранжерея тропічних та субтропічних рослин і теплиці. В структурі установи функціонують лабораторії дендрології, флори і рослинності, декоративного квітникарства, а колекційний фонд нараховує 570 видів, сортів і форм дерев і кущів, 400 – тропічних і субтропічних рослин, 45 – раритетних, понад 300 видів становить колекція лікарських та однорічних і багаторічних рослин, із них 26 видів занесено до Червоної книги України.
Сьогодні ботанічний сад вишу – це острівець природи в урбаністичному просторі, це гарне доповнення туристичних принад Кам’янця-Подільського, важлива база для проходження практики здобувачами вищої освіти ПДАТУ.